轉錄調控可以控制轉錄何時發生以及產生多少RNA。被RNA聚合酶轉錄的基因可被至少五種機制所調控：特異性因子會改變RNA聚合酶對于特定啟動子或一套啟動子識別的特異性，使得RNA聚合酶更多或更少地結合到這些啟動子上（如原核轉錄中用到的σ因子）。阻遏因子會結合到DNA鏈上的靠近或覆蓋啟動子區域的那些非編碼序列上，阻礙RNA聚合酶順利進入此鏈，故阻礙了基因的表達。通用轉錄因子：這些轉錄因子將RNA聚合酶安放至編碼蛋白序列的起始位置，繼而釋放聚合酶以轉錄mRNA。激活因子增強RNA聚合酶與特定啟動子的相互作用，促進基因的表達。激活因子通過增強RNA聚合酶對啟動子的吸引而達到此作用，這一機制是通過與RNA聚合酶亞基的相互作用或間接通過改變DNA結構而實現的。增強子是位于DNA螺旋結構上的一些位點，它們通過與激活因子相結合以將DNA彎曲使特定啟動子朝向起始復合物。

　　對真核細胞基因轉錄的調節控制目前知道得很少。同種高等生物每個個體的各個體細胞都有全套相同的基因，只是由于在發育過程中基因表達的調節控制（包括轉錄的調節控制）不同，因而發育成各種不同的組織和器官。目前認為，動物（包括人）都含有癌基因，但有的致癌，有的則不致癌，這也可能是由于轉錄與翻譯的調控不同。另外，真核DNA中的結構基因只占總量的10%左右，大部分DNA順序都可能起調節控制作用。真核生物也有誘導酶和誘導蛋白質，如干擾素就是由病毒或雙鏈RNA等誘導產生的一種蛋白質。